Programme des Journées CMJ Camogli 2015

Association regroupant les utilisateurs de microscopes de la marque JEOL et les sympathisants ayant pour objet de promouvoir les échanges techniques et scientifiques entre les utilisateurs de microscope électronique JEOL en mettant en place un réseau national de partage de compétences scientifiques et techniques, autour du parc des microscopes installés dans les équipes membres du Cercle

Programme des Journées CMJ Camogli 2015

Messagepar adminis » Mer 27 Mai 2015 16:31

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Dernière mise à jour le mardi 23 juin 2015

1- Programme horaire prévisionnel

Programme susceptible de modification sans préavis

Lundi 5 octobre 2015
Journées CMJ (Jour 1)
09h00 - 12h30 : Accueil des participants
12h30 - 14h30 : Repas (sous forme de buffet)
14h45 - 16h00 : Conférences*
16h00 - 16h30 : Pause café
16h30 - 18h00 : Conférences*
18h00 - 20h00 : Session de Formation (ateliers)
20h00 : Repas

Mardi 6 octobre 2015
Journées CMJ (Jour 2)
08h30 - 10h30 : Conférences*
10h30 - 11h00 : Pause café
11h00 - 13h00 : Conférences*
13h00 - 14h30 : Repas
14h30 - 16h30 : Session de Formation (ateliers)
16h30 - 17h00 : Pause café
17h00 - 19h00 : Session de Formation (ateliers)
19h00 - 23h00 : Soirée culturelle italienne

Mercredi 7 octobre 2015
Journées CMJ (Jour 3)
09h00 - 11h00 : Session de Formation (ateliers)
11h00 - 11h30 : Pause café
11h30 - 13h00 : Conférences*
13h00 - 14h00 : Repas
14h00 - 15h00 : Bilan formation et assemblée générale
15h00 départ des participants

(*) conférences générales sur les dernières avancées et/ou applications en microscopie électronique


2- Programme des ateliers

Atelier 1 : Technique d'amincissement par polissage tripode pour l'étude de couches minces et hétérostructures en microscopie électronique à transmission (Intervenante : Laetitia Rapenne)
L’analyse des interfaces dans les hétérostructures implique une qualité parfaite des différents composants pour comprendre leurs propriétés électroniques. La préparation des échantillons est donc une étape cruciale et difficile à maîtriser en particulier pour l’observation de grandes surfaces dont l’intérêt est d’avoir une bonne statistique des défauts de structure intrinsèques liés à la croissance, en limitant au maximum les artéfacts de préparation . La technique d’amincissement par polissage tripode est une technique de choix pour répondre à ces contraintes. Après une description des différentes étapes de cette technique, des exemples d’expertises en microscopie électronique à transmission dans des domaines tel que l’optoélectronique, la microélectronique et le photovoltaïque seront présentés.


Atelier 2 : Initiation à Fiji, logiciel open source de traitement d’image (Intervenant : Henri-Pierre Brau)
Le but de cet atelier est de faire un tour d'horizon des logiciels ImageJ et Fiji avec les fonctions les plus utilisées comme le filtrage, la segmentation, la création de masque et de filtre à façon.
Dans un deuxième temps, il s’agira de montrer l'existence de plugins pour le recalage, recentrage des images, des mises à l'échelle de la mesure, etc...

· Prise en main du logiciel (ouverture, sauvegarde, import, paramétrages généraux)
· Les fonctions de filtrages, normalisation des niveaux de gris sur une pile d’image, gestion des formats d’images
· Quelques outils de recalage d’une pile d’image
· La segmentation classique et un outil de segmentation avancé
· Quelques outils de mesures et de comptage


Atelier 3 : Analyse d’image appliquée aux virus icosaédriques (Intervenant : Patrick Bron)
Cet atelier vise à présenter l’analyse d’images de virus à symétrie icosaédrique. L’atelier sera divisé en deux parties, l’une théorique et l’autre pratique. La première partie sera consacrée à décrire les grandes étapes et les différents programmes qu’il est possible d’utiliser pour ce type d’analyse. La deuxième partie consistera à faire une analyse en directe d’images d’un virus de plante, depuis la sélection des particules jusqu’à la reconstruction 3D du virus. Cela permettra de suivre les différentes étapes et ainsi d’identifier et d’appréhender les phases critiques de l’analyse. A la fin de l’atelier, les stratégies possibles d’affinement des structures seront présentées.


Atelier 4 : Simulations STEM en sciences des matériaux (Intervenants : Thierry Epicier, Williams Lefebvre)
Dans le mode STEM dit HAADF (High Angle Annular Dark Field) en imagerie STEM (Scanning Transmission Electron microscopy) sur les microscopes en transmission, on collecte des électrons diffusés à grand angle en chaque position de la sonde, et l'intensité est attendue proportionnelle à Za, où Z est le numéro atomique de l'atome cible, et a un facteur compris entre environ 1.6 et 2 (théoriquement 2 pour la diffusion Rutherford liée au noyau, mais la valeur réelle est plus faible en raison des effets d'écrantage par le cortège électronique). C'est sur la base de cette expression simple que l'on considère que cette imagerie incohérente permet l'accès à une information chimique puisque sensible au contraste en Z ('Z-contrast'). Le but de cet atelier, après une courte introduction théorique sur l'imagerie STEM-HAADF, est de se familiariser avec la problématique de simulations des images STEM à l'échelle atomique. Pourquoi simuler ces images alors que l'on s'attend à une imagerie incohérente directement sensible au numéro atomique au travers d'une loi puissance ? Tout simplement parce que la plupart du temps, les conditions expérimentales requises pour valider le caractère incohérent des images ne sont pas respectées (en particulier, en raison des angles de collecte souvent choisies trop faibles pour gagner en intensité). De surcroît, les effets de canalisation dans les échantillons épais perturbent la vision simpliste d'une imagerie linéaire.

Nous verrons, au travers de l'utilisation de logiciels essentiellement gratuits (comme QSTEM, C. Koch, http://elim.physik.uni-ulm.de/), comment réaliser des simulations significatives. Nous illustrerons également quelques approches quantitatives visant à relier de manière précise l'intensité des colonnes atomiques à leur remplissage en termes de nature d'atomes et/ou de taux d'occupation.


Atelier 5 : Simulations en microscopie électronique en transmission (Intervenant : Christian Ricolleau)
L'interprétation quantitative d'images ou de diffractions en microscopie électronique nécessite très souvent des simulations. Il existe plusieurs logiciels commerciaux qui sont tous basés sur le même principe : création du modèle structurale et utilisation de la théorie dynamique de propagation des électrons dans un matériau pour simuler des diffractions en faisceau parallèle ou convergent, des images à haute résolution… Le logiciel le plus connu et le plus complet de simulation en microscopie électronique est JEMS (Java Electron Microscopy Simulation). L’atelier sera donc basé sur l’utilisation de ce logiciel. Les différents sujets qui seront abordés concernent :

· Définition de la structure, affichage et rotation
· Diffraction
· Simulation d’images haute résolution par différentes techniques

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